论文查重系统的数据安全与隐私保护措施主要包括数据加密、访问权限控制、安全审计等方面。首先，数据加密是保障数据安全的重要手段，通过对用户上传的论文进行加密处理，确保数据在传输和存储过程中不被窃取。其次，访问权限控制是指根据用户身份和角色设置不同的权限，限制用户对系统中数据的访问和操作，有效防止非法获取信息。另外，安全审计可以监控系统的操作记录，及时发现异常行为并采取相应措施，保障系统的安全稳定运行。

此外，论文查重系统还可以采用匿名化处理用户上传的论文，避免用户个人信息泄露。同时，建立完善的安全管理制度和应急预案，定期对系统进行安全漏洞扫描和修复，加强对系统安全性的监控和管理。此外，定期对系统进行安全培训，提高员工的安全意识和应对能力，全员参与保障数据安全与隐私保护工作。